Bumi pertiwi pernah diporak-porandakan oleh bengis dan kejinya tangan-tangan penjajah Belanda selama + 350 tahun lamanya. Pada masa itulah Mbah Qomari kecil dilahirkan, tepatnya sekitar tahun 1922M di sebuah daerah bernama Gorang-Gareng kecamatan Magetan Kabupaten Madiun Jawa Timur

Masa Kecil yang seharusnya amat menyenangkan, beliau lewati dengan penuh kecemasan akan penjajah, kesulitan ekonomi dan carut marutnya situasi politik yang menghasilkan ketidakpastian hidup. Untungnya dibawah asuhan ayahnya yang alim, beliau tetap tabah dalam menjalani semua itu, hingga pada saat mulai menginjak umur belasan, beliau mulai mengenal pendidikan dengan masuk ke Sekolah Rakyat yang lebih dikenal dengan SR selama 5 tahun dan menamatkan pendidikan awalnya disitu pada tahun 1938 M

Setamat dari SR kegiatan Mbah Qomari remaja ini hanyalah membatu orang tuanya dirumah sambil mengaji di masjid sekitar tempat tinggalnya, namun karena semangatnya untuk menuntut ilmu yang tidak pernah padam maka pada sekitar tahun 1940, beliau pindah ke rumah saudaranya di daerah Cepoko, Brebek Kali, Nganjuk, Jawa Timur

Di daerah ini beliau belajar di sebuah madrasah dinniyah dibawah asuhan KH. Zaid selama kurang lebih 5 tahun lamanya, dan selama itu pula beliau harus menempuh jarak + 1,5 km dengan berjalan kaki setiap harinya hingga berhasil menyelesaikan kelas Sifir Tsani di Madrasah ini.

Setelah menyelesaikan ngajinya di madrasah tersebut, maka pada tahun 1945 -tepatnya sebelum Proklamasi hari Kemerdekaan Republik Indonesia- beliau pulang kembali ke Gorang Gareng, Magetan untuk membantu orang tuanya bekerja sebagai petani.

Hampir 2 tahun Mbah Qomari ini mengisi hari-harinya dengan membantu orang tuanya, hingga pada tahun 1947, jiwanya yang selalu haus akan ilmu pengetahuan dan pengalaman ini mendorong untuk masuk ke asrama Hisbulloh. Setahun kemudian, beliau yang telah menjadi pribadi yang dewasa dan cukup usia ini mulai bekerja di sebuah toko milik pamannya yang saat itu tengah menjabat sebagai ketua Masyumi Cabang Gorang Gareng.

Belum genap satu tahun Mbah Qomari bekerja, muncullah Pembrontakan PKI Madiun, yang berimbas sampai ke beberapa daerah sekitarnya hingga membuat morat marit keadaan dan ketidakpastian hidup terutama dalam hal ekonomi dan keamanan.

Tak lama setelah itu atau tepatnya pada hari Selasa sekitar jam 08.30 pagi awal tahun 1949, Mbah Qomari yang sedang duduk-duduk di teras masjid tiba-tiba teringat Pondok Tremas yang dulu pernah diceritakan oleh pamannya, dan entah mengapa saat itu keinginannya untuk mondok di Tremas serasa menghentak-hentak tak terbendung dalam lubuk hatinya yang paling dalam. Hingga pada hari itu pula ia bergegas untuk bersiap-siap dan memohon restu kepada ibundanya yang telah berpisah dengan Bapaknya dengan menempuh perjalanan sekitar 5-6km. Sesampainya ditempat sang ibu, beliau langsung mengutarakan niat sucinya yang telah membuncah didadanya, namun sang ibu tak bereaksi apa-apa dan hanya berkata, "kowe nginepo neng kene" (kamu menginaplah disini). Meski belum paham dengan maksud sang ibu, Mbah Qomari yang niatnya udah bulat ini menurut saja dan tak membantah sepatah katapun meski beribu pertanyaan menyesaki dadanya. Semalam suntuk beliau tidak dapat memejamkan matanya, hingga jam 04.00 pagi saat sang Ibu yang menyangka dirinya telah tertidur pulas membangunkannnya dan menyuruhnya untuk meminum air beras kencur sebanyak 4 liter tanpa alasan yang jelas dan harus di habiskan pada saat itu juga. Sebagai anak yang berbakti, beliaupun menurut aja tanpa banyak tanya dan alhamdulillah beliau dapat menghabiskannya tanpa adanya rasa mual sedikitpun

Selanjutnya di Rabu pagi itu beliau berangkat ke Pondok Tremas dari rumah sang Bunda, dan anehnya saat beliau berjalan baru beberapa langkah, cuaca yang tadinya cerah pada saat itu, tiba-tiba berubah menjadi mendung, lalu gerimis dan tak lama kemudian disusul dengan hujan lebat hingga beliau rasakan sangat mengganggu kenyamanan perjalanan yang hanya seorang diri itu

Setelah seharian berjalan, beliaupun beristirahat di daerah perbatasan Madiun, dan saat itu pula hujan yang tadinya lebat berhenti seketika. Esok paginya, saat beliau mulai menapakkan kakinya untuk meneruskan perjalanan, tiba-tiba hujan kembali turun lagi dengan lebat tiada henti, dan setelah seharian penuh berjalan dibawah guyuran hujan yang teramat lebatnya, maka beliau memutuskan untuk beristirahat di daerah perbatasan Ponorogo, dan dengan tiba-tiba pula hujanpun pergi entah kemana. Begitu juga ketika perjalanan memasuki hari ke-3, sedari pagi hujan lebat terus mengiringi perjalanan beliau melewati jalan terjal berliku di tengah hutan pegunungan Pacitan yang berbaris rapi seakan tak nmenyambut kedatangannya. Hujan baru berhenti sesaat setelah beliau sampai dirumah saudaranya di daerah Arjosari Kecamatan Pacitan. Wal hasil dalam tiga hari perjalanan yang teramat berat itu, hujan senantiasa mengguyur dengan lebatnya

Setelah beristirahat selama satu malam, maka keesokan harinya beliau sowan ke ndalemnya Mbah Nyai Khotijah atau yang lebih dikenal dengan Mbah Dimyathi Putri, karena saat itu Pondok Tremas sedang dalam masa fatroh setelah sepeninggal Mbah Dimyathi, penggantinya Mbah Mahfudz pun Menyususl kehadirat Yang Maha Kuasa akibat kebiadapan Pembrontak PKI

Suasana Pondok Tremas saat itu sepi banget, karena santrinya hanya sekitar 5-6 orang. Dalam kesepian itu beliau mengisi aktifitas di Pondok Tremas dengan mengaji kitab dibawah asuhan KH. Hasyim Ikhsan dan Mbah Nyai Nawawi (adik ipar KH. Hasyim Ikhsan) disamping kegiatan sehari-harinya ikut mengabdi di ndalem

Pada Bulan Syawal 1950, sesaat setelah kepulangan KH. Habib Dimyathi dari pondok Krapyak Yogyakarta, Pondok Tremas mulai berbenah dengan di aktifkannya kembali sistem pendidikan Klasikal. Pada saat itu Mbah Qomari yang masih duduk di kelas III Mts Masa'i langsung disuruh loncat ke kelas I MA (kelas tertinggi saat itu) oleh Kyai Habib bersama dengan beberapa rekan santri Tremas terdahulu yang jumlahnya tidak seberapa. Mulai saat itu pula Mbah Qomari di minta ikut mengajar di Pondok Tremas sampai sekarang